子公司與分公司都是現代大公司企業經營組織的重要形式，二者都具有經營資格，都具有自己的辦公場所。但是，二者有著本質的區別。
1、二者的法律地位不同：
子公司具有獨立的主體資格，享有獨立的法人地位。分公司則不具有獨立的民事和商事主體資格，不具有法人資格。子公司是獨立的法人，擁有自己獨立的名稱、章程和組織機構，對外以自己的名義進行活動，在經營過程中發生的債權債務由自己獨立承擔。分公司則不具備企業法人資格，沒有獨立的名稱，其名稱應冠以總公司的名稱，由總公司依法設立，只是公司的一個分支機構。因此，子公司作為獨立的法人，在法律上其意志是獨立的，母公司對子公司的經營管理活動不能進行直接的命令指揮。分公司作為本公司的分支機構，其業務的執行、資金的調動完全受制于本公司。
2、二者的經營范圍不同：
分公司經營范圍不得超出母公司的經營范圍，子公司可以自行選擇經營范圍，一般無限制。
3、二者設立的程序不同：
分公司的設立程序與一般意義上的公司設立程序不同，設立分公司只需辦理簡單的登記和開業手續。而子公司需要按照正常規定進行申請和設立。子公司由公司股東按照《公司法》的規定設立，應當符合《公司法》對公司設立條件和投資方式的要求。分公司由總公司在其住所地之外向當地工商機關申請設立，屬于設立公司分支機構。
4、二者的名稱稱謂不同：
分公司不具有獨立的名稱，子公司有自己獨立的名稱。分公司名稱需要加母公司的名稱；子公司可以自行起名稱，不需要加母公司的名稱。分公司其名稱中雖有公司字樣，但不是真正意義上的公司。而子公司與一般的公司無異，母公司持有分公司的股份，更多的聯系還是存在于利益方面。
5、與總/母公司的控制關系不同：
母公司對子公司的控制必須符合一定的法律條件。母公司對子公司的控制一般不是采取直接控制，更多地是采用間接控制方式，即通過任免子公司董事會成員和投資決策來影響子公司的生產經營決策。而分公司則不同，其人事、業務、財產受總公司直接控制，在總公司的經營范圍內從事經營活動。
6、二者承擔債務責任的方式不同：
分公司不具有企業法人資格，不能獨立地對外承擔民事責任，其民事責任由成立分公司的公司承擔。子公司具有獨立的企業法人資格，可以依法獨立地對外承擔民事責任，母公司對子公司的債務不承擔責任。母公司作為子公司的最大股東，僅以其對子公司的出資額為限對子公司在經營活動中的債務承擔責任；子公司作為獨立的法人，以子公司自身的全部財產為限對其經營負債承擔責任。分公司由于沒有自己獨立的財產，與總公司在經濟上統一核算，因此其經營活動中的負債由總公司負責清償，即由總公司以其全部資產為限對分公司在經營中的債務承擔責任。
7、二者的財產關系不同：
在財產關系結構上，子公司雖然有母公司的參與，但仍有屬于自己的財產。分公司的財產則全屬于本公司，是本公司財產不可分割的組成部分。分公司沒有自己的獨立財產，其實際占有、使用的財產是總公司財產的一部分，列入總公司的資產負債表。而子公司的財產是獨立的，與總公司財產無關。另外，分公司與總公司之間的資本轉移，因不涉及所有權變動，不必負擔稅收。
8、領取的營業執照不同：
子公司領取的是企業法人營業執照，有法定代表人姓名字樣。分公司領取的是營業執照，有負責人字樣。
9、產品包裝標注不同：
子公司在產品外包裝上必須標注自己的名稱和住所。分公司可以標注自己的名稱、住所，也可以同時標注總公司的名稱、住所，還可以只標注總公司的名稱、住所。
10、二者的稅收關系不同：
設立分公司還是通過控股形式組建子公司，在納稅規定上就有很大不同。由于分公司不是一個獨立法人，它實現的盈虧要同總公司合并計算納稅，而子公司是一個獨立法人，母、子公司應分別納稅，而且子公司只有在稅后利潤中才能按股東占有的股權進行股利分配。子公司和分公司的稅收利益存在著較大差異，總體上看兩種組織形式最重要的區別在于：子公司是獨立的法人實體，在設立國被視為居民納稅人，通常要承擔與該國其它公司一樣的全面納稅義務。分公司不是獨立的法人實體，在設立分公司的所在國被視為非居民納稅人，只承擔有限的納稅義務。分公司發生的利潤與虧損要與總公司合并計算，即“合并報表”。我國稅法也規定，公司的下屬分支機構繳納所得都有兩種形式：一是獨立申報納稅；一是合并到總公司匯總納稅。而采用哪種形式繳稅則取決于公司下屬分支機構的性質--是否為企業所得稅獨立的納稅義務人。需要指出的是，境外分公司與總公司利潤合并計算，所影響的是居住國的稅收負擔，至于作為分公司所在的東道國，往往照樣要對歸屬于分公司本身的收入課稅，這就是實行所謂收入來源稅收管轄權。而設立在境內分公司則不存在這個問題，對這一點企業在稅籌劃時應加以關注。
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